Aminoasit

Article on other languages:

del.icio.us del.icio.us
Digg Digg
Furl Furl
Reddit Reddit
Rojo Rojo
Add to OnlyWire
Resim aminoasitlerin oluşturduğu bir polipeptid zincirini göstermektedir.

Aminoasitler proteinleri oluşturan temel yapı taşlarıdır.

Kimyada bir aminoasit hem amin hem de karboksil fonksiyonel gruplar içeren bir moleküldür. Aminoasitlerin kovalent bağlarla uç uca eklenmesiyle oluşturdukları kısa polimer zincirler "peptid", uzun polimer zincirler ise "polipeptid" veya "protein" olarak adlandırılırlar. Hücre içerisinde ribozomlar, mRNA moleküllerini kalıp olarak kullanarak aminositleri uç uca ekleyerek proteinleri sentezlerler. Bu işleme translasyon (çeviri) denir.

Bahsedilen amino asitlerin hepsinin aynı anda herhangi bir proteinin yapıtaşında bulunması gerkemez. Ayrıca hepsi eşit miktarda da değildir. Proteinlerde bunlardan çok daha farklı amino asitler de bulunabilir. Farklı amino asitler, 20 temel amino asitle oluşturulmuş polipeptidlerin daha sonra “farklılaşmaları” ile oluşur. Bu tür amino asit farklılaşmaları, proteinin özelliklerini ve işlevlerini oldukça fazla değiştirir. Örneğin çözünürlüklerini arttırabilir veya azaltabilir, ya da diğer molekülerle etkileşmelerini düzenleyebilir.

Amino asitlere ek olarak proteinler, çok daha farklı gruplar da barındırabilirler. Amino asit dışında, yapısında farklı türler barındıran amino asitlere, “konjuge proteinler” denir. Konjuge proteinler, kovalent veya non-kovalent bağlarla, nükleik asitlerle nükleoproteinleri, lipidlerle lipoproteinleri, karbonhidratlarla glikoproteinleri ve daha birçok küçük molekül kütleli maddelerle, metallerle ve metal içeren gruplarla kompleks yapılar oluşturabilirler.


Konu başlıkları

Apolar aminoasitler

Apolar aminoasitler, yan zincirlerinde hidrofobik özellik gösteren radikal grup bulundururlar. Elektrostatik bağlar yapamayan amino asitlerdir. Yan zincirlerinde, genellikle oksijen veya azot yoktur. Öncelikli olarak (bir proteindeki özel bir boşluğa hangi amino asitin en iyi şekilde uyabileceğini belirleyen) büyüklük ve şekillerine göre ayrılırlar. Van der Waals kuvvetleri ve hidrofobik etkileşimler sayesinde bir arada tutunurlar.

Prolin bir iminoasittir, yani amino grubu değil imino grup taşır. Bunu kağıt kromatografisinde farklı renge boyandığından da anlayabiliriz. Her zaman proteinlerin merkezinde gömülü olan aminoasit izolösin'dir.

Polar yüksüz aminoasitler

Polar yüksüz aminoasitler, nötral pH'da yüksüzdürler. Bu gruptaki amino asitlerin yan zincirleri zayıf asit ve bazlardır. Fizyolojik pH’da tamamen yüklü değildirler, ancek kısmi artı (+) ve eksi (-) yükler içerirler. Bu sebeple, su da dahil olmak üzere, diğer moleküllerle H-bağı yapabilirler. Genelde oldukça reaktif amino asitlerdir.

Polar asidik aminoasitler

Polar asidik aminoasitler, fizyolojik pH'da negatif yüklüdürler ve asidik özellik gösterirler.

Polar bazik aminoasitler

Polar bazik aminoasitler, yan zincirlerinde proton alıcı moleküller taşırlar.

Aminoasitlerin özelliklerini ve standart kodunu gösteren tablo

Aminoasit 3-Harf 1-Harf Yan zincir

polaritesi

Yan zincir asidite

veya bazisite

Hidropati endeksi[1]
alanin ala A apolar nötür 1.8
arginin arg R polar kuvvetli bazik -4.5
asparagin asn N polar nötür -3.5
aspartik asit asp D polar asidik -3.5
sistein cys C apolar nötür 2.5
glutamik asit glu E polar asidik -3.5
glutamin gln Q polar nötür -3.5
glisin gly G apolar nötür -.4
histidin his H polar hafif bazik -3.2
izolösin ile I apolar nötür 4.5
lösin leu L apolar nötür 3.8
lizin lys K polar bazik -3.9
metiyonin met M apolar nötür 1.9
fenilalanin phe F apolar nötür 2.8
prolin pro P apolar nötür
serin ser S polar nötür -.8
treonin thr T polar nötür -.7
triptofan trp W apolar nötür -.9
tirozin tyr Y polar nötür -1.3
valin val V apolar nötür 4.2

Yukarıdaki tabloda gösterilen 3-harfli ve 1-harfli aminoasit koduna ek olarak, kimyasal veya kristalografik analizler sonucunda bir proteinin belli bir pozisyonundaki aminoasit kesin olarak belirlenemediğinde, aşağıdaki tablodaki kısaltmalar da kullanılabilmektedir.

Dejeneresite kodu 3-Harf 1-Harf
asparagin veya aspartat asx B
glutamin veya glutamat glx Z
herhangi bir veya bilinmeyen unk X

Besin maddesi olarak aminoasitler

Proteinlerin yapısını oluşturan 20 amino asit arasında 10 tanesi temel amino asitler olarak adlandırılır. Bu amino asitler insan vücudu tarafından ihtiyacı karşılayacak düzeyde sentezlenemedikleri için dışarıdan beslenme yoluyla alımları zorunludur. Sistein, tirozin, histidin ve arginin çocuklar için yarı zaruri aminoasitler olarak kabul edilmektedirler çünkü bunların sentezlenmesini yürüten metabolik reaksiyonlar çocuklarda tam olarak gelişmemiştir.[2]

Temel aminoasitler Diğerleri
İzolösin Alanin
Lösin Asparagin
Lizin Aspartatik asit
Metionin Sistein
Fenilalanin Glutamik asit
Treonin Glutamin
Triptofan Glisin
Valin Prolin
Arginin* Serin
Histidin* Tirozin

(*) Sadece özel durumlarda beslenme açısından dışarıdan alımı zaruridir.(Yenidoğanlarda ve üremili hastalarda)

Özellikler

  • Prolin bir iminoasittir.
  • Histidin kanda tamponlama görevinde kullanılır.
  • Tirozin; vücudun rengini veren melanin pigmentinin yapımında, katekolaminlerin sentezinde kullanılır.
  • Triptofan serotonin sentezinde rol oynar.
  • Aspartat üre döngüsünde ürenin azotlarından birine kaynaklık eder.
  • Glutamin toksik amonyağın toksik olmayan depo şeklidir.
  • Protein yapısına sadece L-alfa amino asitler katılır.

Kaynakça

  • Lippincott Illustrated Reviews Biochemistry
  • Harper's Biochemistry

This article is from Wikipedia. All text is available under the terms of the GNU Free Documentation License.